I 1169 esemplari vengono utilizzati nei pił disparati fronti : come pattugliatore marittimo , bombardiere pesante e aereosilurante. Tra le missioni pił importanti vi sono il bombardamento di Scapa Flow ( 11 novembre 1942) , i bombardamenti su Mosca e su Baku , il bombardamento del porto di Alessandria e come caccia pesante contro i bombardieri alleati . Le perdite pesanti arrivano a partire dalla fine del 1943 quando nel ruolo di caccia pesante l’Heinkel 177 si trova a combattere contro i vari Mustang e Thunderbolt.